SARS-CoV-2

Přehled sledovaných variant viru SARS-CoV-2 a jeho sledovaných mutací a delecí ve vazbě na položky NČLP

Zpracovala RNDr. Helena Jiřinová, Státní zdravotní ústav Praha, Národní referenční laboratoře pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění

(aktualizováno dne 14. 6. 2021)

Matice variant a delecí i mutací včetně popisů - dokument ke stažení (pdf)

Matice a kompletní podklady s řadou dalších informací - excel ke stažení (xlsx)

Stručná informace k problematice - dokument ke stažení (pdf)

Podrobnější informace k problematice včetně pokynů - dokument ke stažení (pdf)

V matici uváděné varianty jsou zapracované do MTV = GTYPCOV, s níž pracuje položka NČLP 50805.
Uváděné mutace a delece jsou samostatné položky NČLP s uvedenými klíči (PCR a SEQS).
Pokud není klíč uveden, nebylo dosud do NČLP doplněno, není dosud vyšetřováno v praxi.

Mutace zájmu v S vybrány dle:
https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

Informace k souvisejícím položkám NČLP

A. sekvenační stanovení varianty:
Varianty určené sekvenačně se sdělují položkou NČLP 50805 dle MTV=GTYPCOV.
Klíče v MTV=GTYPCOV jsou jednoznačné a trvalé, nemění se při překódování ani při úpravách názvů. Pro sdělování v rámci DASTA jsou tyto klíče povinné, pro IS v praxi nyní nejvhodnější!

Pokud není sdělovaná varianta dosud definována v MTV=GTYPCOV, zadá se v položce NČLP 50805 klíč „JINAVAR“ a konkrétní zjištěná varianta se sdělí položkou NČLP 50803 kódem dle Pangolin lineage nebo položkou NČLP 51360 kódem dle Nextstrain/WHO (lze využít obě současně).

Ke sdělení vlastností slouží položka 50910, sděluje se volným textem, je věcí laboratoře.

B. PCR stanovení mutací a delecí:
Pokud jsou prostřednictvím položek NČLP sdělované mutace a delece zjištěné PCR stanovením, je vždy nutné sdělovat celou paletu provedených vyšetření přítomnosti/nepřítomnosti testovaných mutací a delecí - pracuje se se sadou položek s procedurou PCR (nepoužívat procedury * ani SEQS!).
Může být připojena interpretace prostřednictvím položky NČLP 50817, sděluje se volným textem.

(Při sdělování do registrů ÚZIS lze dočasně využívat možnosti formalizovaného sdělování aktuálních variant, určených PCR vyšetřením, prostřednictvím položky 50783, která pracuje s MTV=GTYPCOMD. Jedná se o dočasné řešení zavedené v lednu 2021, nyní upozaděno.)

C. Parciální sekvenační stanovení varianty (Sanger):
V případě parciální sekvenace (Sanger) se pracuje s paletou položek pro sdělování (průkaz) mutací/delecí s procedurou SEQS (nepoužívat procedury * ani PCR!).